На документе в этом случае должна быть усиленная квалифицированная электронная подпись руководителя либо иного уполномоченного лица.

Если такой счет-фактуру необходимо распечатать, то достоверность электронной подписи заверяет руководитель, пояснила ФНС.

Данный подход согласован с Минфином. Это важно, поскольку в мае у финансового ведомства была другая позиция. Оно разъясняло: если первый экземпляр счета-фактуры составлен на бумаге, то хранить второй экземпляр в электронной форме нельзя.

Теперь, получается, Минфин свое мнение изменил.

Документ: Письмо ФНС России от 06.09.2017 N СД-4-3/17731@

Источник: http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_179583/6ab1a097ed3de25bea390673890994164bc1cd51/